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Principle and Applications of Artificial IntelligenceChapter 0 Introduction to AI 2025秋ContentsPreface 引子1 What is AI?2 AI-Model：Agents-Environments& The Structure of Agents3 Applied AI (应用)4 AI Progress5 AI：SOTA—大模型时代6 Reasoning & InferenceSummaryReferencesIntroduction to AIIntroduction to AI Preface（引子）回顾历史：10+年前我国学者的认识• 2008年，我国学者在回顾中国人工智能发展过程时写道(王飞跃等，2008)：• 人工智能的发展一直流传着各种说法，诸如• 人工智能不热门了，走下坡路了• 要被其他学科取代了• 在国外的人工智能研究都申请不到基金资助了• 这些都是毫无根据的！人工智能是一门几乎在所有方面都具有重要应用的技术4我国学者当时对于人工智能发展的观点 ...

PLINK basics(PLINK基础)In this module, we will learn the basics of genotype data QC using PLINK, which is one of the most commonly used software in complex trait genomics. (Huge thanks to the developers: PLINK1.9 and PLINK2)用PLINK解决基因数据的质量控制问题 Table of Contents Preparation PLINK 1.9 & 2 installation Download genotype data PLINK tutorial Calculate the missing rate and call rate Calculate allele frequency Hardy-Weinberg equilibrium exact test Applying filters LD-Pruning Calculate the inbree...

PheWAS R语言包示例代码运行1.R环境配置(VSCODE）安装vscode（默认已经安装）安装R：安装链接https://cran.r-project.org/mirrors.html，采用国内的清华镜像站 选取第一个清华的镜像站 选取适合自己电脑的版本 下载成功 下载成功后安装的硬盘一般默认C盘，但是不要选择装在C盘，例如我就装在D盘。 2.VSCODE上安装R语言的相关插件 如果对于编辑的界面有要求可以选择安装R LSP Client插件和Radian的编辑器，（暂时安装不成功，略过） 3.测试 建立一个.R的文件，直接编译运行即可 绘图结果： 2.R环境的PheWAS的代码运行下载对应的PheWAS的安装包The PheWAS R package is designed to provide an accessible interface to the phenome wide association study. PheWAS R软件包旨在为全表型关联研究提供一个可访问的界面。 可以使用devtools包安装PheWAS包。在R中执行以下代码将帮助您开始...

Principle component analysis (PCA)PCA aims to find the orthogonal directions of maximum variance and project the data onto a new subspace with equal or fewer dimensions than the original one. PCA旨在找到最大方差的正交方向，并将数据投影到一个维度等于或小于原始维度的新子空间上。 info “Steps of PCA” example “A simple illustration of PCA” Source data: 12cov = np.array([[6, -3], [-3, 3.5]])pts = np.random.multivariate_normal([0, 0], cov, size=800) The red arrow shows the first principal component axis (PC1) and the blue arrow...

山东大学 计算机科学与技术 学院云计算技术 课程实验报告 学号：202000130199 姓名： 荆树吉 班级： 20数据 实验题目：操作系统虚拟化 OpenVZ 实验学时：2 实验日期： 2023.4.18 实验目的：在Linux环境下，熟悉OpenVZ虚拟化。 具体包括：自行了解OpenVZ虚拟化技术，完成实验环境及实验工具的熟悉，包括安装和配置OpenVZ，了解如何创建容器等，撰写实验报告。 硬件环境： 联网的计算机一台 软件环境：Linux 实验步骤与内容：1.添加源vim /etc/apt/sources.list.d/openvz.list 写入下面内容保存 如果需要,可以视情况改动注释. deb http://download.openvz.org/debian wheezy main # deb http://download.openvz.org/debian wheezy-test main 2.导入key后更新wget http://ftp...

山东大学实验报告3-1山东大学 计算机科学与技术 学院云计算技术 课程实验报告 学号：202000130199 |姓名：荆树吉 | 班级：20数据 实验题目：利用云平台搭建个人博客 **实验学时：2|实验日期： 2023.3.15 实验目的：熟悉个人博客系统的搭建。具体包括：参考方案：注册Github账号，搭建Hexo环境并实现个人博客搭建，撰写实验报告。 硬件环境： 联网的计算机一台 **软件环境：Windows ** 实验步骤与内容： • 1.安装Git• **windows：**到git官网上下载.exe文件,Download git,安装选项还是全部默认，只不过最后一步添加路径时选择Use Git from the Windows Command Prompt，这样我们就可以直接在命令提示符里打开git了。• 2.安装Node.js• windows：下载稳定版或者最新版都可以Node.js，安装选项全部默认，一路点击Next。最后安装好之后，按Win+R打开命令提示符，输入node -v和npm -v，如果出现版本号，那...

实验5 词向量1.One-hot编码实验1.1 实验介绍One-hot编码也称之为独热编码，是NLP里的经常在预处理数据的时候使用的技术。通常是需要将离散型特征或者标签用One-hot编码。比如房价预测中，出现房屋朝向的特征，一共有南、东南、西南、东、东北、北、西北和西8个方向，那么这样的离散特征是需要One-hot编码的，比如“南”的one-hot编码为[1,0,0,0,0,0,0,0]，“东南”的One-hot编码为[0,1,0,0,0,0,0,0]…依此类推。 1.2 实验要求12x=['体育', '军事', '娱乐', '教育', '文化', '时尚', '科技', '财经']onehot_encode(x) 编写onehot_encode函数，生成效果如下： 提示：可以使用sklearn.preprocessing中的OneHotEncoder 1.3 思考题从one-hot编码结果来看，one-hot编码的...

1.连锁不平衡性定义连锁不平衡性（linkage disequilibrium）是指 **不同基因座（loci）的等位基因（allele）之间非随机（nonrandom）**的关联。 两个基因座互相独立不相关，即连锁平衡 linkage equilibrium 的状态。 **常用的指标：**D’， r2（相关系数，correlation coefficient）【更常用】 当D’=0，r2=0时，处于完全连锁平衡状态 当D’=1，r2=1时，处于完全连锁不平衡状态。 其中，从0-1之间的度量越高，LD越高，如果两个位点连锁，连锁程度也越高。 对应的连锁不平衡性越明显，说明对应位置的相关性就越强，他们就越可能在同一种表型中发挥相似的作用。 2.LD_clumping的定义LD clumping（连锁不平衡修剪）是全基因组关联分析（GWAS）中常用的步骤，用于筛选与目标表型关联最强的独立SNP，同时移除与其高度连锁（即存在强LD）的冗余SNP。 算法原理： 索引SNP选择：从GWAS结果中筛选p值小于--clump-p1的SNP，按p值升序...

山东大学 计算机科学与技术 学院云计算技术 课程实验报告 学号： 姓名： 班级： 202000130199 荆树吉 20数据 实验题目：虚拟化技术练习三KVM 实验学时：2 实验日期： 2023.4.8 实验目的：在Linux环境下，熟悉KVM虚拟化环境。 具体包括：了解KVM虚拟化环境的配置和部署，完成实验环境及实验工具的熟悉，撰写实验报告。 硬件环境：联网的计算机一台 软件环境：Linux 实验步骤与内容：一．先决条件要运行带有2 GB以上RAM的guest虚拟机，对应的虚拟环境必须拥有64位主机系统 再继续安装之前，要确保对应的ubundu虚拟机支持KVM虚拟化，系统应具有VT-x(vmx)的Intel处理器或具有AMD-V(svm)技术的AMD处理器。 以下grep命令以验证您的处理器支持硬件虚拟化： grep -Eoc ‘(vmx|svm)’ /proc/cpuinfo 如果CPU支持硬件虚拟化，则该命令将输出一个大于零的数字，即CPU核心的数量。否则，如果输出是，0则表示CPU不支持硬件虚拟化。比如我对应的输...

Association testOverview Genetic modelsTo test the association between a phenotype and genotypes, we need to group the genotypes based on genetic models. There are three basic genetic models: 为了测试表型和基因型之间的关联，我们需要根据遗传模型对基因型进行分组。有三种基本的遗传模型： Additive model (ADD)加法模型（ADD） Dominant model (DOM)主导模型（DOM） Recessive model (REC)隐性模型（REC） info “Three genetic models”信息“三种遗传模型” For example, suppose we have a biallelic SNP whose reference allele is A and the alternative allele is G. 例如，假设我们有一个双等位基...